Для рассады одинаково вредны как переувлажнение, так и чрезмерное высыхание грунта. Переувлажнение неизбежно приведёт к заболеванию и изнеживанию рассады, а чрезмерное высыхание может вызвать гибель растений.

Влажность почвы и воздуха необходимо строго регулировать по периодам и фазам роста. При некоторой подсушке грунта рассада отличается меньшей массой, но имеет повышенное содержание сухого вещества. Уменьшение воды в тканях повышает концентрацию клеточного сока за счёт увеличения количества сахаров, хлорофилла, коллоидов. Такая рассада быстрее приживается в поле благодаря большей сосущей силе (осмосу), хорошо адаптируется в новых условиях и лучше растёт.

В плёночных сооружениях относительная влажность воздуха выше, чем в открытом грунте. Избыточная влажность для рассады вредна. Лучшая относительная влажность для рассады большинства культур 60…70 или 70…75% и только для растений семейства тыквенных 70…80%.

На качество рассады и её себестоимость оказывает влияние режим влаги в горшочках или субстрате, на котором ее выращивают. В период от появления массовых всходов до проведения закаливания рассады оптимальная влажность субстрата равна 55…65%  для капусты и 55…60% для томата.

Увеличение влагообеспеченности рассады ведет к излишним затратам и изнеживанию ее, а уменьшение — снижает ранний, а иногда и общий урожай. Оптимальная относительная влажность воздуха для кочанной капусты, пасленовых и бахчевых культур — 60…70%, для цветной капусты, лука, салата, огурца и овощных тыкв — 70…80%.

Влажность, так же как и температуру воздуха, снижают проветриванием рассадных сооружений, а повышают орошением путем дождевания. Вентиляция не только снижает температуру и относительную влажность воздуха, но и обеспечивает движение его, что способствует процессу фотосинтеза и придает тканям механическую прочность и эластичность.

За несколько дней до высадки грунт подсушивают. Это способствует повышению засухоустойчивости высаживаемой рассады.